Fransiskenlerin İstanbul’a tam anlamıyla yerleşmesi 1221 yılına rastlar. Ev olarak kabullendikleri ilk yer Thetokos Kyriotissa Kilisesi’ydi. Bundan 9 sene sonra Assisili Aziz Fransua için başka bir kilise yapılması planlanarak inşasına başlandı. Galata’ya yakın bir yere kondurulan bu mimari açıdan muhteşen yapıya o dönemler “Latin Aya Sofyası” bile denildi.
1306 senesinde Rum bölgesindeki ilk kiliselerinden uzaklaştırılan din adamları, bu kiliseye yerleştiler ve 350 yıl sahip oldukları tek kilise bu oldu.
Sene 1697 oldugu vakit Aziz Fransua Kilisesi Padişah II. Mustafa tarafından camiye dönüştürüldü. (kilise o zamana kadar iki kere büyük yangında kül olup yeniden yapılmış ve bir yangından da kılpayı kurtulmuştur). Camiye çevrilen kiliseyi boşaltan din adamları Pera’da bir kır evine yerleşti.
Camiye dönüşen Aziz Fransua Kilisesi’nden uzaklaşan rahipler Para’da başka bir kilise inşa ettiler, bu kilisenin ismi Aziz Antuan‘dı. Ancak yeni tramvay yolu için bu kilisenin de yıkılması gerekmekteydi ve rahiplerin yeni bir kilise yapacak yer aramaları lazımdı.
1905 yılında Onuncu Papa Pius, bölge temsilcisi Peder Giuseppe Caneve ile konuşarak onu yeni bir kilise kurması konusunda ikna etti ve projeyi kutsadı. Bundan bir yıl sonrasında kilisenin ilk taşı temeline koyuldu. 1907 senesi kilisenin inşaatının parasal sıkıntılardan dolayı yarıda bırakıldıgı senedir.
